Կառավարության առաջիկա 5 տարվա ծրագրի «Հոգևոր անվտանգություն» բաժնում Հայ առաքելական եկեղեցու բարենորոգումը ներկայացվել է որպես «արժեքահենք հոգևոր կյանք» ունենալու համար անհրաժեշտ պայման։ Փաստաթղթում արձանագրվել է, որ եկեղեցու «բարենորոգման» օրակարգը պետք է նպատակաուղղված լինի այն «կանոնականության դաշտ բերելուն» և Եկեղեցու քաղաքականացումը բացառելուն, հայտնում է Factor.am-ը։
Կառավարությունը նախատեսել է ապահովել ՀԱԵ «փաստացի պետի» հեռացումը, որը ծրագրում ներկայացվել է որպես «հանգստի կոչում»։ Դրանից հետո, համաձայն ծրագրի, սահմանված ընթացակարգով պետք է անցկացվի կաթողիկոսական տեղապահի ընտրություն։
Նախատեսվում է նաև ընդունել ՀԱԵ կանոնադրությունը։ Դրանով, ծրագրի համաձայն, պետք է ամրագրվեն սկզբունքների պահպանման, ֆինանսական թափանցիկության և հոգևորականների բարեվարքության ապահովման մեխանիզմները։
Փաստաթղթով նախատեսվել է նաև սահմանված կարգով անցկացնել Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի ընտրություն։ Կառավարությունը ծրագրել է հոգևոր ծառայողներին ընդգրկել սոցիալական երաշխիքների պետական համակարգում, ինչպես նաև ապահովել Եկեղեցու ֆինանսավորման թափանցիկությունը։
Ծրագրում եկեղեցու բարենորոգման անհրաժեշտությունը փոխկապակցվել է նաև «հոգևոր անվտանգության» ապահովման և արտաքին ուժերի կողմից Հայ առաքելական եկեղեցին «հիբրիդային պայքարի հենակետ» դարձնելու փորձերը բացառելու հետ։
Մեկ տարուց ավելի է՝ վարչապետ Նիկոլ Փաշինյանը պարբերաբար խոսում է Գարեգին Բ-ին հեռացնելու մտադրության մասին՝ նրա հասցեին մի շարք մեղադրանքներ հնչեցնելով։ Մայր Աթոռն իր հերթին վարչապետի և իշխանությունների գործողությունները գնահատել է որպես միջամտություն եկեղեցու ներքին գործերին։
Գարեգին Բ-ն նաև քրեական գործով որպես մեղադրյալ է անցնում։